
Atambua – miasto w Indonezji na wyspie Timor w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie. Stolica kabupatenu Belu.

Bajawa – miasto na wyspie Flores w Indonezji, stolica kabupatenu Ngada położonego w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie. W Bajawie znajdują się gorące źródła, które są używane do kąpieli. Niedaleko od miasta znajduje się wulkan Inierie. Społeczność miasta jest w większości wyznania rzymskokatolickiego. W mieście znajdują się dwa lotniska.

Ende – miasto w Indonezji na południowym wybrzeżu wyspy Flores, nad morzem Sawu w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie; 79 tys. mieszkańców (2006). Siedziba rzymskokatolickiej archidiecezji Ende.

Kalabahi – miasto w Indonezji na wyspie Alor w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie. Według danych z 2016 liczy 19 tys. mieszkańców. Jest stolicą kabupatenu Alor.

Kefamenanu – miasto w Indonezji na wyspie Timor w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie, stolica kabupatenu Timor Tengah Utara.
Kupang – miasto w Indonezji na wyspie Timor nad Morzem Sawu; ośrodek administracyjny prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie. Populacja wynosi 450 tys. mieszkańców.

Maumere – miasto w Indonezji na północnym wybrzeżu wyspy Flores w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie; 48 tys. mieszkańców (2006).
Waingapu – miasto w Indonezji na północnym wybrzeżu wyspy Sumba w prowincji Małe Wyspy Sundajskie Wschodnie; 11 tys. mieszkańców (2005).