WGdynia Chylonia – stacja kolejowa z peronem dla Szybkiej Kolei Miejskiej, leżąca w dzielnicy Chylonia.
WGdynia Cisowa – najmłodszy w Gdyni oraz trzeci najmłodszy przystanek Szybkiej Kolei Miejskiej, położony w dzielnicy Cisowa między ulicą Cisowską a ulicą Janowską.
WElektrowozownia Gdynia Cisowa – elektrowozownia w Gdyni Cisowej będąca miejscem utrzymania zespołów trakcyjnych oraz siedzibą Szybkiej Kolei Miejskiej w Trójmieście. W pobliżu obiektu, przy linii kolejowej nr 250 znajduje się przystanek służbowy Gdynia Cisowa Elektrowozownia.
WGdynia Karwiny – przystanek Pomorskiej Kolei Metropolitalnej.
WGdynia Stadion – przystanek Pomorskiej Kolei Metropolitalnej.
WGdynia Główna – największy dworzec kolejowy w Gdyni, charakteryzujący się największą roczną przepustowością w północnej Polsce i jedną z największych w kraju – w 2017 obsłużył 11,2 mln pasażerów, co umiejscowiło go na dziewiątym miejscu wśród polskich dworców. Według kategoryzacji PKP Gdynia Główna oznaczona została najwyższą kategorią Premium. Dworzec mieści się w zabytkowym modernistycznym budynku. Obejmuje Dworzec Główny, obsługujący trasy dalekobieżne, i Dworzec Podmiejski; oba znajdują się przy pl. Konstytucji, na styku dzielnic Śródmieście, Działki Leśne i Grabówek (północ).
WGdynia Grabówek – przystanek Szybkiej Kolei Miejskiej położony w Gdyni, wbrew nazwie w dzielnicy Leszczynki.
WGdynia Leszczynki – przystanek Szybkiej Kolei Miejskiej leżący w Gdyni. Wbrew nazwie, w dzielnicy Chylonia. Stacja posiada jedno przejście podziemne łączące ulicę Chylońską od południa z wagonownią składów osobowych na północy, a dalej z ulicą Hutniczą. Na stacji znajdują się kasowniki i tablice informacyjne z rozkładem jazdy SKM dla przystanku Gdynia Leszczynki. Przy wejściu do tunelu od strony ulicy Chylońskiej znajduje się kasa biletowa SKM, a także charakterystyczny sklep sieci Biedronka. W pobliżu znajduje się także przystanek trolejbusowy linii: 20, 22, 27 oraz 28.
WGdynia Orłowo - stacja z peronem dla Szybkiej Kolei Miejskiej leżąca w gdyńskiej dzielnicy Orłowo. Jest jedną z trzech stacji w tym mieście, które mają więcej niż jeden peron. Z dalekobieżnego korzystają tylko Przewozy Regionalne.
WGdynia Redłowo – przystanek Szybkiej Kolei Miejskiej leżący w dzielnicy Redłowo.
WGdynia Stocznia - Uniwersytet Morski – przystanek Szybkiej Kolei Miejskiej na granicy dzielnic: Grabówek i Śródmieście.
WGdynia Wielki Kack – zlikwidowana stacja kolejowa położona w Gdyni, w dzielnicy Wielki Kack.
WGdynia Wzgórze Świętego Maksymiliana – przystanek Szybkiej Kolei Miejskiej w Gdyni, leżący wzdłuż granicy dzielnic: Wzgórze Św. Maksymiliana (wschód) i Działki Leśne (zachód).