WBunkier-Wisła w Toruniu – niemiecki schron przeciwlotniczy z okresu II wojny światowej, obecnie muzeum interaktywne w Toruniu.
WDom Legend Toruńskich – interaktywne muzeum w Toruniu.
WDom Mikołaja Kopernika w Toruniu – jeden z pięciu oddziałów Muzeum Okręgowego w Toruniu.
WFundacja Generał Elżbiety Zawackiej w Toruniu - Archiwum i Muzeum Pomorskie AK oraz Wojskowej Służby Polek w Toruniu.
WKolejowa Izba Tradycji w Toruniu – muzeum poświęcone historii toruńskiego węzła kolejowego.
WMuzeum Komunikacji Miejskiej w Toruniu – izba pamięci na terenie zajezdni tramwajowej w Toruniu.
WMuzea w Toruniu – wykaz muzeów mających siedzibę na terenie Torunia.
WMuzeum Artylerii Toruniu – muzeum wojskowe w Toruniu.
WMuzeum Diecezjalne w Toruniu - muzeum prezentujące zbiory sztuki sakralnej z terenu diecezji toruńskiej.
WMuzeum Etnograficzne im. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej w Toruniu – muzeum etnograficzne założone w 1959 roku z inicjatywy Marii Znamierowskiej-Prüfferowej w Toruniu.
WZagroda Rybacko-Rolnicza w Toruniu – oddział Muzeum Etnograficznego im. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej w Toruniu
WMuzeum Fortyfikacji Pancernej Twierdzy Toruń - skansen militarny znajdujący się w lewobrzeżnej części Toruniu.
WMuzeum Historii Torunia – jeden z pięciu oddziałów Muzeum Okręgowego w Toruniu.
WMuzeum Historyczno-Wojskowe w Toruniu – muzeum wojskowe w Toruniu.
WMuzeum Pamięć i Tożsamość im. św. Jana Pawła II w Toruniu – muzeum poświęcone historii Polski w Toruniu.
WMuzeum Piśmiennictwa i Drukarstwa – muzeum w Grębocinie, założone w 2004 przez konserwatora zabytków Dariusza Subocza. Siedzibą muzeum jest poewangelicki kościół z XIII wieku. Muzeum gromadzi obiekty z zakresu piśmiennictwa, papiernictwa i drukarstwa europejskiego i azjatyckiego.
WMuzeum Podróżników im. Tony’ego Halika – jeden z pięciu oddziałów Muzeum Okręgowego w Toruniu.
WMuzeum Sportu Żużlowego w Toruniu – muzeum poświęcone historii światowego żużla w Toruniu.
WMuzeum Sztuki Dalekiego Wschodu w Toruniu – jeden z pięciu oddziałów Muzeum Okręgowego w Toruniu.
WMuzeum Techniki i Inżynierii Komunalnej Torunia – muzeum prowadzone przez Toruńskie Wodociągi.
WMuzeum Toruńskiego Piernika – jeden z pięciu oddziałów Muzeum Okręgowego w Toruniu.
WMuzeum Twierdzy Toruń – dawne Koszary Bramy Chełmińskiej, zwane także schronem lub fortem B-66, obecnie adaptowane na jeden z pięciu oddziałów Muzeum Okręgowego w Toruniu.
WMuzeum Uniwersyteckie w Toruniu - placówka muzealna prowadzona przez Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.
WMuzeum Zabawek i Bajek w Toruniu – prywatne muzeum położone w Toruniu.
WMuzeum Okręgowe w Toruniu – jedno z najstarszych muzeów w Polsce z siedzibą w gotyckim Ratuszu Staromiejskim w Toruniu.
WOlenderski Park Etnograficzny w Wielkiej Nieszawce – jeden z oddziałów Muzeum Etnograficznego im. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej w Toruniu, pierwszy w Polsce skansen poświęcony osadnictwu olenderskiemu rozwijającemu się od XVI w.
WOrbitarium – dział Planetarium im. Władysława Dziewulskiego w Toruniu.
WMuzeum Przyrodnicze Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska UMK w Toruniu – byłe muzeum Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, istniało w latach 1973 - 2017.
WŻywe Muzeum Piernika w Toruniu – interaktywna placówka muzealna, pierwsza tego typu w Europie, założona przez Elżbietę i Andrzeja Olszewskich w 2006 roku, w której odbywają się pokazy połączone z warsztatami historycznego wypieku piernika.
WSzkolne Muzeum Motoryzacji w Toruniu – placówka muzealna w Toruniu, prowadzona przez Zespół Szkół Samochodowych w Toruniu.