WRzeki na terenie Mołdawii należą do zlewiska Morza Czarnego, głównymi są Dniestr i Prut, które wyznaczają także granice państwa, odpowiednio z nieuznawaną międzynarodowo Republiką Naddniestrza i Rumunią.
WBotna – rzeka w Mołdawii, prawy dopływ Dniestru. Ma 152 kilometry długości, co czyni ją szóstą pod względem długości rzeką w Mołdawii.
WByk – rzeka w środkowej Mołdawii, prawy dopływ Dniestru. Długość – 155 km, powierzchnia zlewni – 2.150 km².
WCogîlnic, Kohylnyk – rzeka w Mołdawii i południowo-zachodniej Ukrainie o długości 243 km. Rzeka wypływa ze wzgórz Kodry, na zachód od Kiszyniowa i płynie na południe przez miasta Hînceşti, Cimişlia, Basarabeasca i Arcyz. Cogîlnic uchodzi do limanu Sasyk, w pobliżu miasta Tatarbunary, na wybrzeżu Morza Czarnego.
WDniestr – rzeka płynąca przez Ukrainę i Mołdawię. Rzeka należy do zlewiska Morza Czarnego. Długość – 1362 km, powierzchnia zlewni – ok. 68 tys. km².
WDunaj – druga co do długości rzeka w Europie.
WIchel – rzeka w Mołdawii, prawy dopływ Dniestru. Ma 101 kilometry długości, co czyni ją 8 najdłuższą rzeką w Mołdawii.
WJahorłyk – rzeka na Ukrainie i w Mołdawii (Naddniestrze), lewy dopływ Dniestru. Płynie w południowo-zachodniej części Wyżyny Podolskiej. Długość rzeki – 73 km, powierzchnia dorzecza – 1590 km². Rzeka tworzy głębokie jary.
WJałpuh, Jałpuch – rzeka w Mołdawii i na Ukrainie, w południowej Besarabii.
WPrut – rzeka w południowo-wschodniej Europie, lewy dopływ Dunaju, rzeka graniczna pomiędzy Rumunią a Mołdawią.
WReut – rzeka w środkowej Mołdawii, prawy dopływ Dniestru. Długość - 286 km, powierzchnia zlewni - 7.760 km².